Sağlıklı bir vajinada bulunan çok önemli bakteriler vardır. Bunlar vajinal floranın birer parçasıdır. Diğer mikroorganizmaların aksine, bunlar patojen değil, faydalı bakterilerdir. Bu yardımcılar arasında laktobasiller (laktik asit bakterileri) bulunur. Vajinanın yaklaşık 3,8 – 4,5 ‘lık düşük bir pH değerine sahip asidik ortamı bu şekilde oluşur. Asidik ortam sayesinde patojenler ya çok az gelişirler ya da hiç gelişmezler. Vajina florası aynı zamanda cinsel hormonu östrojene bağlıdır. Kadın vücudundaki östrojen yoğunluğu, kadının adet döngüsü sırasında dalgalanmalar gösterir: Menstruasyon boyunca ve menstruasyondan kısa bir süre sonra östrojen seviyesi daha düşük olur. Bu dönemde vajinada daha az laktobasil bulunur. Döngünün ilerleyen döneminde östrojen miktarı artar. Böylece laktik asit bakterilerinin miktarı da artar. Menopoza giren kadınlarda da vajinal floranın dengesi bozulabilir. Bu dönemde östrojen seviyesi düşer. Bu aynı zamanda vajinanın ortamını da değiştirir. Patojenler bu şekilde daha kolay yayılabilirler. Bu sebeple bu dönemlerde vajinal flora sağlığına ekstra dikkat etmek gerekir.
Bir diğer dikkat edilmesi gereken dönem hamilelik dönemidir. Hamile kadınlar için, kusursuz bir cinsel florayla sağlıklı bir vajinaya sahip olmak oldukça önemlidir. Hamilelik vücut için çok özel bir durumdur. Ayrıca hormonal dengeyi de değiştirir. Yüksek östrojen seviyesi de vajinal florayı etkiler. Ayrıca, hamile kadınlar bağışıklık sistemleri daha hassas olduğu için enfeksiyonlara daha yatkındırlar. Hamile kadınlarda vajinal floranın bozulması durumunda patojenler yayılabilir. Bakteriyel vajinozis durumunda erken doğum ve düşük yapma riski yüksektir.
Anne karnındayken bebeğin bağırsakları steril olup, doğum esnasında annenin vaginal kanalından alınan flora bakterilerinin bağırsakta kolonize olmasıyla oluşur. Kadınlarda vaginal flora ile bağırsak florasının birbirine yakın olduğu bilinmektedir. Fakat kesin bir kanıt yoktur. Bebeğin florasının oluşmasında doğum şekli (vajinal, sezeryan), besleme tarzı (anne sütü, mama) ve yaşadığı ortamdaki sanitasyon, hijyen koşulları oldukça etkilidir. İki yaş civarında çocuğun bağırsak florası gelişmiş olur. Kişilerin bağırsak florası bireysel özellik gösterir ve parmak izi gibi farklılığını yaşam boyu taşır.